选择能快速、高效杀灭各种细菌、病毒、真菌和藻类等微生物的药剂，如含氯消毒剂中的二氧化氯，杀菌能力强且作用迅速，能有效去除水中多种微生物。

可以参考药剂的杀菌率、杀灭微生物的种类范围以及相关的检测报告和认证来评估消毒效果。

对人体健康无害，在使用过程中不会产生有毒有害的副产物。例如，二氧化氯消毒时不会与水中有机物生成三卤甲烷等致癌物质，使用较为安全。

考虑药剂的刺激性和腐蚀性，选择对皮肤、黏膜刺激性小，对水箱及附属设备腐蚀性低的产品。季铵盐类消毒剂如苯扎溴铵，对皮肤和黏膜刺激性小，无腐蚀性，但消毒效果受有机物影响较大。

确保药剂在正常使用浓度下不会对环境造成污染，如过氧化氢分解后产生氧气和水，对环境无污染。

药剂应具有一定的稳定性，便于储存和运输。含氯消毒剂中的次氯酸钠溶液稳定性较差，容易分解，需要注意储存条件和有效期；而二氧化氯稳定性也相对较差，通常需要现用现配。

选择易于配制和使用的药剂，操作过程简单明了，不需要复杂的设备和技术。例如，次氯酸钠溶液和二氧化氯都可以通过简单的稀释配制后用于水箱消毒。

综合考虑药剂的价格、使用量以及后续处理成本等。含氯消毒剂一般成本较低，而季铵盐类消毒剂价格相对较高。在满足消毒要求的前提下，尽量选择性价比高的药剂。

所选药剂应符合国家和地方相关的卫生标准和政策要求，具备相应的卫生许可批件等资质证明。例如，用于二次供水消毒的药剂必须经过相关部门的认证和许可，以确保其安全性和有效性。